UCSF Chimera(分子模拟软件) V1.13.1

UCSF Chimera是一款完全免费的分子模拟软件，用于分子结构和相关数据的交互可视化分析，分析数据包括密度图，超分子组合，顺序排列，对接结果等，可以生成图像和动画。

1、提供了一组有用的特性和清晰的界面。

2、在第一次启动应用程序时，你会遇到一个几乎太简单的主窗口，它只不过是一个可视化面板和一个紧凑的菜单栏，不像通常使用广泛工具栏的其他分子分析工具。

3、因此，UCSF嵌合体牺牲了一点实用性，以便为分子分析提供一种无干扰的环境。它还有一个庞大的文档部分，你应该花一些时间来阅读，因为它可以帮助你缩短学习时间的一半。

4、附带了一套广泛的可视化和分析工具

5当谈到特性时，公用事业提供的东西比你想象的要多。首先，你应该知道它可以产生高质量的图像和动画。它还附带了一个序列查看器，它实际上使您可以查找、查看和编辑序列比对。

6、没有过分复杂的事情，应该提到的工具来支持交互式阴影，变形，Ramachandran图和爆破蛋白。

7、分子分析的有力工具

8、您还应该知道UCSF Cimeta使您能够改变背景，即您可以将图形窗口更改为单个颜色、多个颜色的垂直渐变，甚至从计算机加载图像。

9、该实用工具带有一个流线型的界面，一个庞大的文档，教程和例子，可以帮助你马上开始。底线，UCSF嵌合体是一个强大的应用分子分析，包装许多有用的特点，而不感到害怕。

1、强大的轴、平面和质心功能，轴可以表示为圆柱体，平面表示为圆盘，质心表示为球体，这些都可以用于距离和角度测量。

2、体积数据:可以显示三维电子和光学显微镜数据、x射线密度图、静电势和其他体积数据。

3、b因子着色:可以对结构着色以显示属性值

4、筛选分子对接

5、通过保护着色

6、卷平面显示

7、旋转异构体

1、通过点击或双击嵌合体图标（取决于它的位置）来启动嵌合体。通常，这个图标将出现在桌面上。Cimela可执行文件也可以从其安装位置运行。

2、将出现一个飞溅屏幕，在几秒钟内由包含图形显示或最近使用的文件的快速访问列表的主嵌合体窗口替换（这并不重要，因为打开一个结构将自动将显示器切换到图形窗口）。如果你喜欢，通过点击并拖动右下角来放大窗口。窗口也可以通过点击它的顶部栏和拖动来移动。

3、打开结构

4、现在打开一个结构。从菜单中选择文件ID ID获取，并将1ZIK作为结构的ID从PDB中取出。该结构将出现在图形窗口中，它是由两个肽形成的亮氨酸拉链。

5、默认的初始显示是色带。也显示原子：

6、这显示了结构中的所有原子和键，除了肽链中的那些被丝带显示抑制。下面讨论如何显示用于显示、着色等结构的特定部分。最初，杂原子（碳以外的原子）由元素组成：氧原子、氮原子、蓝色等。碳保持模型颜色，在这种情况下是棕褐色。

7、隐藏缎带，露出骨架原子，然后再次展示缎带